W marcu 2005 roku został zatrudniony na stanowisko reżysera i scenarzysty filmu "
Wonder Woman", jednak w lutym 2007 roku zrezygnował z powodu "różnic artystycznych". Ostatecznie film powstał kilka lat później, reżyserką była
Patty Jenkins, zaś autorem scenariusza
Allan Heinberg.
W 1987 roku ukończył studia filmowe na Wesleyan University w Middletown (Connecticut, USA).
Szkic scenariusza do filmu "
Twister" podaje nazwiska Whedona i
Jeffa Nathansona, jako autorów scenariusza. Żaden z nich nie pojawił się jednak jako scenarzysta w napisach ostatecznej wersji filmu.
Ma czterech braci, starszych Samuela i Matthew oraz młodszych
Jeda i
Zacka.